Năm Gia Khánh nguyên niên (1796), ngày mùng 1 tháng giêng, Càn Long Đế tuyên chiếu thiện nhượng cho Hoàng thái tử Vĩnh Diễm, lấy niên hiệu năm sau là [Gia Khánh]. Sử gọi [Gia Khánh Đế].

Càn Long Đế sau khi thiện nhượng đã lên làm Thái thượng hoàng, cư ngụ tại Ninh Thọ cung, cung điện mà Khang Hi Đế dành riêng cho Nhân Hiến Hoàng thái hậu, nay được Càn Long Đế tu sửa quy mô hơn nhiều, còn Gia Khánh Đế tạm cư Dục Khánh cung (毓庆宫). Trong ba năm sau đó, Gia Khánh Đế chỉ làm Hoàng đế trên danh nghĩa, vì Càn Long Thái thượng hoàng đế vẫn là người ra quyết định chính; phàm công văn quan trọng, tuyển bổ quan lại đại thần, Gia Khánh Đế phê duyệt xong đều phải đưa cho Thái thượng hoàng xem xét, sau khi Thượng hoàng đồng ý mới quyết định. Đó gọi là "Huấn chính" biện pháp.

Năm Gia Khánh thứ 4 (1799), Thái thượng hoàng băng hà, Gia Khánh Đế mới làm lễ lên ngôi và chính thức nắm triều chính, khi ấy ông đã 40 tuổi. Sau đó, Gia Khánh Đế lập tức xử tội Hòa Thân tội danh tham nhũng và lạm dụng chức quyền, Hòa Thân bị tước hết quan tước và ban cho tự sát. Con dâu của Hòa Thân là Cố Luân Hoà Hiếu Công chúa, em gái Gia Khánh Đế, được miễn tội và ban cho một số tài sản của Hòa Thân.

Vào năm Gia Khánh thứ 8 (1803), phát sinh việc của Trần Đức muốn hành thích Gia Khánh. Và năm Gia Khánh thứ 18 (1813), lại phát sinh loạn bởi Thiên Lý giáo (天理教) xông vào Tử Cấm Thành, đánh vào tận Hậu cung. Những người trực tiếp tham gia bị Gia Khánh Đế xử tử, hàng trăm người khác bị lưu đày sau hai vụ ám sát này.

Triều đại của Gia Khánh Đế tuy tiễu trừ được Hòa Thân, thi hành tiết kiệm, cải tổ bè đảng, song vấn đề chống tham ô không hề khởi sắc mà thậm chí còn khó khăn thêm. Trong suốt thời kì Gia Khánh Đế trị vì, bạo loạn xã hội bởi Bạch Liên giáo (1796-1804) và Thiên Lý giáo (1795-1806) đã làm tình hình trở nên nghiêm trọng. Gia Khánh Đế đã tham gia vào việc bình định và dập tắt các cuộc nổi loạn. Bộ luật Đại Thanh bao gồm một đạo luật có tiêu đề "Những điều cấm liên quan đến các Phù thủy và Pháp sư" đã ra đời. Năm 1811, một điều khoản đã được thêm vào có quy định cả về Cơ đốc giáo. Nó được sửa đổi vào năm 1815 và 1817, sau đó sửa đổi lần cuối vào năm 1839 dưới thời Đạo Quang, và bị bãi bỏ vào năm 1870 dưới thời Đồng Trị. Bộ luật kết án tử hình những người châu Âu truyền bá đạo Công giáo giữa người Hán và người Mãn Châu. Kitô hữu, những người không ăn năn hối cải đã được gửi đến các khu vực theo Hồi giáo ở Tân Cương, để được trao làm nô lệ cho các nhà lãnh đạo và các nhà thờ Hồi giáo.

Gia Khánh Đế đã nỗ lực để đưa Trung Quốc trở lại sự thịnh vượng và quyền lực từng có ở thế kỷ 18. Tuy nhiên, nha phiến lưu nhập Trung Quốc, trong khi kho bạc của đế quốc trống rỗng, một phần do dòng chảy bạc lớn từ nước này khi thanh toán cho thuốc phiện nhập lậu vào Trung Quốc từ Ấn Độ thuộc Anh, khiến cho nền kinh tế tiếp tục suy giảm. Về mặt ngoại giao với Việt Nam, Gia Khánh Đế từ chối yêu cầu của Vua Gia Long trong việc đổi tên quốc gia của mình thành Nam Việt. Thay vào đó, ông đổi tên thành Việt Nam. Sách Đại Nam thực lục của Gia Long chứa các thư tín ngoại giao về việc đặt tên.

Các thành viên của hoàng tộc nhà Thanh đã cố gắng ám sát ông hai lần - vào năm 1803 và năm 1813. Các hoàng tử tham gia vào các nỗ lực thí nghịch trong thời ông trị vì đã bị xử tử. Hàng trăm thành viên khác của hoàng gia đã bị lưu đày.